İstinye Üniversitesi Meslek Yüksekokulu, 2016-2017 Eğitim-Öğretim yılında Topkapı Kampüsünde akademik yaşamına başlamıştır. Kurucu Müdür olarak Doç. Dr. Fahri ERENEL görev yapmış; Adalet, Aşçılık, Bankacılık ve Sigortacılık, Gıda Teknolojisi, Grafik Tasarım, İnsan Kaynakları Yönetimi, İnşaat Teknolojisi, Mimari Restorasyon, Pazarlama, Spor Yönetimi, Sivil Hava Ulaştırma İşletmeciliği, Uçak Teknolojisi, İş Sağlığı ve Güvenliği, Muhasebe ve Vergi Uygulamaları, Sivil Havacılık ve Kabin Hizmetleri, programları ile ilk öğrencilerini kabul etmiştir.
2018 Yılında Meslek Yüksekokul Müdürlüğü görevine Prof. Dr. İlhan TOMANBAY gelmiş ve İSÜ MYO aynı yıl ilk mezunlarını vermiştir. İlerleyen yıllarda Yükseköğretim Kurulu kararları ve İSÜ Stratejik Planı çerçevesinde bazı programlar pasif hale getirilmiştir.
2019 -2022 yılları arasında Yüksekokulu Müdürlüğü görevini Dr. Öğr. Üyesi Mehmet Fatih ÇINAR yürütmüştür. 2022 yılı Kasım ayı itibariyle Meslek Yüksekokulu müdürlüğüne Dr. Öğr. Üyesi Hilal ÇAKAR ÖZCAN atanmıştır.
MYO bünyesinde Eğitim-Öğretim faaliyetleri; Adalet, Aşçılık, Bilgisayar Destekli Tasarım ve Animasyon, Bilgisayar Programcılığı (Örgün ve İkinci Öğretim), Bilgisayar Teknolojisi, Bilişim Güvenliği Teknolojisi, E- Ticaret ve Pazarlama, Gıda Teknolojisi, Otomotiv Teknolojisi, Sivil Havacılık Kabin Hizmetleri (Örgün ve İkinci Öğretim) ile Uçak Teknolojisi olmak üzere 11 örgün öğretim ve 2 ikinci öğretim programı ile sürdürülmüştür. 2022 yılı içerisinde, daha önce pasif durumda olan Bilgisayar Teknolojisi programı ile yeni açılan E-Ticaret ve Pazarlama programına öğrenci alımı yapılmıştır.
2023 yılında ise mevcut programlara ek olarak 2 yeni örgün öğretim programı olan Dış Ticaret ve Elektronik Teknolojisi ile 3 ikinci öğretim programı (E-Ticaret ve Pazarlama, Bilgisayar Teknolojisi ve Bilişim Güvenliği Teknolojisi) faaliyete geçmiştir.
2024 yılında ise dört adet örgün öğretim programı; Biyomedikal Cihaz Teknolojisi, İç Mekan Tasarımı, Grafik Tasarımı ve Lojistik programları, MYO bünyesine eklenmiştir.