- 3B Tasarım ve Prototipleme Uygulama ve Araştırma Merkezi (İSÜ3D)
- Bilimsel ve Teknolojik Araştırmalar Uygulama ve Araştırma Merkezi (BİTAM)
- Dijital Oyun Geliştirme ve Animasyon Teknolojileri Araştırma Uygulama Merkezi (DOA)
- Ekonomi ve Politika Uygulama ve Araştırma Merkezi (EPAM)
- Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi (İSÜFİZYOTEM)
- Güvenlik ve Savunma Stratejileri Uygulama ve Araştırma Merkezi (GÜVSAM)
- Kamu Diplomasi Uygulama ve Araştırma Merkezi (KADAM)
- Kök Hücre ve Doku Mühendisliği Uygulama ve Araştırma Merkezi (İSÜKÖK)
- Kuşak ve Yol Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi (KUYÇAM)
- Medya Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi (İSÜMED)
- Moleküler Kanser Uygulama ve Araştırma Merkezi (İSÜMKAM)
- Nörolojik Bilimler Uygulama ve Araştırma Merkezi (ISUCAN)
- Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi
- Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi (İSÜSEM)
- Tıpta Yapay Zeka Uygulama ve Araştırma Merkezi (TYZAUM)
- Türkçe Eğitimi ve Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi (TURKMER)
- Uluslararası Sürdürülebilirlik Uygulama ve Araştırma Merkezi (IRCOS)
- Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi (UZEM)
- Yaşlılık Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi (İSÜ GEROMER)